撒拉族原来没有教派之分，都属于逊尼派中的“阁的木”教坊制度。自清代乾隆年间，河州回族聚居区产生了“门宦制度”和一些不同教派后，先后传入了撒拉族地区，并开始了教派之分和教派之争。《循化志》(卷八)说：“回教一而已矣，所法灭经三十本出自唐时其祖师马哈麻(即穆罕默德)所为，因民世守之。到乾隆初年，而河州回民始有前开、后开之异。……其始不知何时，然教自是分为二。”“前开”是先开斋后礼拜，“后开”是礼拜后再开斋。“顾其异者，节目之不同也，无二经也。”[《循化志》(卷八)]，乾隆年间河州回民马来迟从阿拉伯朝觐归来，倡诵“冥沙经”，并到撒拉族地区传虎夫耶派的花寺门宦。此后，撒拉族中的伊斯兰教开始分派别，源别支流日益增多，例如老教、老新教、新教，是根据教派所传时间而定的。除以上教派之外，另有哲赫耶一派。
在宗教制度和宗教仪式方面，撒拉族还有许多与其他民族和地区不同的特点。每个撒拉族聚居的自然村都建有清真寺，寺院的组织情况是：每个“海依寺”聘大学阿訇一人，二学阿訇一至二人，“满拉”若干人。此外，清真寺里还推选一个专门侍奉开学阿訇的人叫“穆扎维”，此人选须是精明能干、勤快麻利的。另外，撒拉族在宗教上曾有过一种名为“尕最”总掌教的教长制度。 撒拉族穆斯林严格遵守伊斯兰教的一整套宗教制度，实行念、礼、斋、课、朝五项功修，称之为“五功”或“五桩天命”；过伊斯兰教的主要节日开斋节、宰牲节和圣纪节。
《古兰经》
撒拉族的先民从中亚迁来循化时带有伊斯兰的根本经典《古兰经》。这部《古兰经》是穆罕默德时代大贤奥斯曼亲手在精制羊皮上抄写的，全世界仅存四部，这一部现仍完好地保存在循化，撒拉人视为至珍。
《古兰经》是伊斯兰教的根本经典。它是先知穆罕默德在23年的传教过程中针对遇到的各种具体情况由哲伯伊勒天使陆续降示给他后宣布的"安拉启示"的汇集。“古兰”一词系阿拉伯语的音译，意为“宣读”、“诵读”或“读物”。中国旧译为《古尔阿尼》、《可兰经》、《古兰真经》、《宝命真经》等。中世纪伊斯兰经注学家常以“克塔布”（书、读本）、“启示”、“迪克尔”（赞念）、“真理”、“光”、“智慧”等来称呼。它是伊斯兰教信仰和教义的最高准则，是伊斯兰教法的渊源和立法的首要依据，是穆斯林社会生活、宗教生活和道德行为的准绳，也是伊斯兰教各学科和各派别学说赖以建立的理论基础。
伊斯兰教的六大信仰
伊斯兰教六条基本信仰纲领的总称，简称“六信”。亦称为“基本信条”或“信仰总纲”。系阿拉伯语“阿戛伊德·西特”的意译。即指：信安拉、信天使、信经典、信使者、信后世、信前定，统称“六大信仰”。信仰总纲最基本的信条是：“万物非主，唯有真主，穆罕默德是真主的使者。”其核心为“认主独一”。中国穆斯林称信仰为“正信”（即遵奉安拉之道）、“明德”（即明晓并承认基本信条）。